Die zur Abgasreinigung in den SECAs zugelassenen Abgaswäscher (Scrubber) sind nicht nur beim NABU, sondern auch in der Fachwelt umstritten und gelten keineswegs als technisch einwandfreie Lösungen. Das gilt besonders für die Variante, die im nassen Verfahren arbeitet (open loop). Hierbei dürfte es sich wohl nur um eine Übergangslösung handeln.
Kritisiert wird, dass mit der Zulassung dieser Anlagen zwar die Luft rein gehalten wird, aber Schwefelverbindungen ins Meer geleitet werden. Diese Schwefelverbindungen gelten als unschädlich, zumal sie in geringer Menge sogar im Mineralwasser enthalten sind, doch könnte sich für bestimmte Gewässer aus dem Einsatz einer großen Zahl von Schiffen mit diesen Anlagen ein Problem ergeben.
Wer die Zusammenhänge beurteilen will, muss die Chemie der Abgaswäscher sehr genau betrachten: Das beim Verbrennungsprozess der Dieselmotoren entstehende Schwefeldioxid SO2 wird in nassen Abgaswäschern in dem eingesprühten Wasser gelöst. Es entstehen schweflige Säure H2SO3 und Sulfite (Salze der schwefligen Säure).
Wie es in der chemischen Fachliteratur heißt, können die schweflige Säure und die Sulfite oxidiert werden. Dann entsteht Schwefelsäure H2SO4, die zerfällt jedoch in Sulfate und Wasser. Was also letztlich mit dem Waschwasser der nassen Abgaswäscher ins Meer gelangt, sind Sulfate, also Salze der Schwefelsäure. Im Mineralwasser sind zum Beispiel Sulfate in der Größenordnung von 1 g pro Liter enthalten.
Die chemischen Prozesse sind sowohl stark von der jeweiligen Temperatur, als auch von den jeweiligen pH-Werten zum Zeitpunkt der Reaktionen abhängig. Insofern bestimmt die Alkalität des Seewassers, in dem sich ein Schiff befindet, ob überhaupt die Wäsche des Abgases im offenen Kreis (also nass) erfolgen kann. Aus diesem Grund sind inzwischen die meisten am Markt verfügbaren Abgaswäscher als hybride Systeme ausgeführt. Bei den hybriden Systemen wird auf den geschlossenen Kreis umgeschaltet, sobald der pH-Wert des Seewassers unzulängliche Werte erreicht. Dabei kann sowohl mit Frischwasser, als auch mit Seewasser gearbeitet werden, dem Alkali zugefügt werden muss. Das ist üblicherweise Natronlauge.
Beim offenen Verfahren gelangen Schwefelverbindungen ins Meer, beim geschlossene müssen Rückstände an Land entsorgt werden. Somit sind beide Verfahren keine ideale Lösung.
